El origen del MVHN tiene lugar en la extinta Fundación Entomológica Torres Sala que se constituyó el 10 de diciembre de 1976 y cuyos patronos eran como Presidente el Alcalde de Valencia, como Vicepresidente el Presidente de la Diputación de Valencia y como Vocales los sobrinos y nietos de D. Juan de Torres Sala, así como algunos científicos valencianos de la época como el Padre Ignacio Salas.
Posteriormente fueron modificados sus estatutos y la Junta de patronos quedó como sigue: Presidente de la Generalitat; Alcalde de Valencia; Presidente de la Diputación de Valencia; Familia Torres-Sala; Secretario de la Fundación; Decano de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universitat de València y un Asesor científico de la misma Facultad.
En su sede, en el antiguo Instituto municipal de Oncología de Valencia, situada en el Passeig de la Petxina 15, se custodiaba y exponía la Colección Entomológica de D. Juan Torres Sala, objetivo de la Fundación.
En el mismo edificio también se custodiaba y exponía la Colección Malacológica del Doctor D. Siro de Fez Sánchez, donada por su viuda en marzo de 1977 al Patronato Valenciano de Ciencias Naturales, dependiente de la «Institució Alfons el Magnànim» de la Excma. Diputación de Valencia.
La inauguración de la sede, con la exposición de ambas colecciones zoológicas, tuvo lugar el 17 de febrero de 1978 con el nombre de «Museo Provincial del Medio Ambiente».
Desde entonces además de la tarea principal de conservación y exposición de las colecciones que custodiamos hemos formado parte de numerosos equipos de investigación y participado en numerosos proyectos científicos, publicando gran cantidad de artículos y libros científicos, principalmente sobre la biodiversidad de la fauna actual y fósil valenciana, así como la divulgación de la zoología a los jóvenes valencianos mediante talleres escolares.
El museo pasó posteriormente a ser nombrado como «Museo de las Colecciones Histórico-Naturales Torres Sala y Siro de Fez» y finalmente como «Museu Valencià d’Història Natural», nombre oficial que ha perdurado hasta nuestros días.
El 30 de junio de 2012 tras la negativa de los políticos gobernantes del «Cap i Casal» (Generalitat, Diputación y Ayuntamiento de Valencia) a continuar ayudando a la conservación y exposición de las colecciones el MVHN fue cerrado y sus conservadores y resto de la plantilla despedidos.
Posteriormente parte de las colecciones custodiadas en la antigua sede han sido trasladadas a la ciudad valenciana de Alginet, donde recibimos un apoyo total por parte de su Junta de Gobierno, a la que estamos infinitamente agradecidos. Además en nuestras instalaciones continuamos con las labores de investigación y divulgación de la Ciencia, tan difícil de encontrar en estos días.
Afortunadamente las colecciones que conservamos en Alginet están a salvo y el legado podrá ser admirado por las generaciones futuras de valencianos. Sin embargo las colección Entomológica Torres Sala y la Malacológica Siro de Fez siguen almacenadas en el antiguo edificio de Passeig de la Petxina de Valencia a la espera de que se les de una solución definitiva para continuar, si aún es posible por su estado, con su conservación y exposición.